Le Service du développement de la filière pêche comprend deux (2) subdivisions :

Subdivision formation, encadrement et vulgarisation

Elle est chargée :
 - d'assurer la formation et l'encadrement des pêcheurs et agents vulgarisateurs en matière de production, de conservation et de commercialisation ;
 - d'assurer le suivi des activités du Centre de Formation des pêcheurs ;
 - de sensibiliser les pêcheurs sur les mesures sécuritaires à observer avant toutes sorties en mer ;
 - de promouvoir les techniques de pêche ne dégradant pas les ressources ;
 - d'encadrer et organiser les coopératives ou associations des pêcheurs.

Subdivision Promotion, Commercialisation, et Gestion du Crédit

Elle est chargée de :
 - donner un appui à tous les opérateurs du secteur, ainsi qu'un avis technique sur tous les projets des promoteurs privés ;
 - la promotion de la consommation du poisson et de l'intégration de la femme djiboutienne dans le commerce du poisson ;
 - d'assurer le suivi des dossiers relatifs aux pêcheries concédées aux privés ;
 - des contrôles de conformité des sociétés de commercialisation, et de transformation des produits de la mer, en collaboration avec le Service du contrôle vétérinaire et alimentaire ;
 - promouvoir la diffusion des connaissances dans le domaine des ressources marines dans les écoles et les établissements publics en collaboration avec le Ministère chargé de l'Education Nationale ;
 - faciliter la mise en place de crédits aux pêcheurs pour les renouvellements de leurs moyens de production ;
 - de promouvoir les activités d'aquaculture. 


Elle comprend deux sections : 
- la section de promotion de l'aquaculture ;
- la section de promotion et d'encadrement des coopératives.