Le Ministre est assisté dans ses fonctions par le Secrétaire Général et des Conseillers Techniques, ainsi qu'un Secrétariat.

Secrétariat

Le secrétariat du cabinet du Ministre est responsable de l'enregistrement et de la classification de toutes les correspondances arrivant et partant du cabinet. Le responsable est nommé, sur proposition du Ministre, en fonction de son expérience et ancienneté.

Conseillers Techniques

Les conseillers techniques assistent le Ministre et le Secrétaire Général dans leurs fonctions.

Secrétaire Général 

Le Secrétaire Général a , sous le contrôle du Ministre, autorité et dispose du pouvoir hiérarchique sur tous les directeurs du Ministère et à cet effet il est chargé :
- de la préparation des décisions ministérielles ainsi que de leur transmission et mise en oeuvre ;
- de la circulation des décisions et directives entre le Secrétariat Général du Ministre et les services généraux et de production, et de la centralisation des informations, comptes rendus et rapports en provenance des Directions et Services ;
- de la coordination des activités des départements ainsi que de leurs programmes et projets ;
- du suivi des plans annuels de travail, des programmes pluriannuels ainsi que de l'ensemble des projets en matière d'eau et de développement rural ;
- du contrôle de la bonne marche des différents départements du Ministère et de l'exécution des directives du Ministre ;
- de la supervision, de la préparation et de l'exécution du budget du Ministère ainsi que du contrôle de la gestion des finances et du personnel du Ministère ;
- de la représentation, sous la responsabilité du Ministre, de l'ensemble du Ministère dans ses relations extérieures avec les autres Ministères et établissements publics, les organismes d'aide bilatéraux et multilatéraux ;
- de la supervision des sous Directions régionales placées au niveau des régions décentralisées ;
- du suivi des organes décentralisés ou consultatifs placés sous tutelle du Ministère ;
- du suivi des affaires qui lui sont directement déléguées par le Ministre ;
- d'harmoniser les relations entre sous les Directions régionales et les différents Services et Directions techniques, compte tenu de leurs missions pluridisciplinaires.

 Dans l'exercice de ses fonctions, le Secrétaire Général est assisté par une Direction et deux Services :
- la Direction de l'Administration Générale ;
- le Service de la Programmation, du Suivi et de la Communication ;
- le Service Informatique.