Sous la responsabilité du Secrétaire Général, les sous-Directions régionales sont chargées de l'exécution et de la supervision des actions relatives à l'hydraulique, l'agriculture, l'élevage et la pêche, en relation avec les départements centraux et les collectivités régionales.

Les sous-Directions régionales ont pour mission l'application des politiques sectorielles définies par les Directions Nationales en concertation avec les collectivités régionales.

Les sous-Directions régionales sont chargées de la gestion des ressources humaines, matérielles et financières relevant des services déconcentrés du Ministère.

Les sous-Directions régionales sont composées, dans chaque région de l'intérieur, d'une équipe multidisciplinaire comprenant des agents :
 de la Direction de l'eau ;

 de la Direction de l'agriculture et des forêts ; 

 de la Direction de l'élevage et des services vétérinaires ;

 de la Direction de pêche pour les régions ayant une façade maritime ;

Au total cinq sous-Directions régionales sont créées et chaque sous-Direction régionale comprend deux subdivisions :

- Subdivision eau

La subdivision eau de chaque sous-Direction régionale est composé de deux sections :
- une section maintenance et destinée à la maintenance des ouvrages hydrauliques ;
- une section appui à la gestion des points d'eau.


- Subdivision développement rural et sécurité alimentaire

La subdivision service de développement rural et sécurité alimentaire de chaque sous-Direction régionale, pour les régions n'ayant pas une façade maritime, est composée de deux sections :
- une section agriculture traitant toutes les questions relatives de l'agriculture ;
- une section élevage traitant toutes les questions relatives à l'élevage.

En plus de ces deux sections mentionnées ci-dessus s'ajoute une troisième section pêche traitant toutes les questions relatives à la pêche pour la subdivision de développement rural et sécurité alimentaire de chaque Sous-Direction Régionale dont les régions disposent une façade maritime.