Le Bureau de Gestion des Projets est chargé de la gestion financière de l'ensemble des projets du Ministère et financés par les partenaires financiers multilatéraux ou bilatéraux et à ce titre il s'occupe de:
- la préparation des dossiers d'appels d'offres pour l'attribution des marchés ;
- l'engagement et la liquidation des dépenses inhérentes aux projets ;
- la tenue à jour des registres comptables relatifs aux projets.
L'exécution et le suivi technique des projets sont du ressort des Directions techniques.
Le Service de la Programmation, du Suivi et de la Communication est également chargé d'exécuter d'autres tâches relevant de ses compétences que lui confient le Ministre et le Secrétaire Général.